Sekvenovanie odhalilo 127 prípadov variantu omikron, kmene alfa a beta sa od decembra neobjavili

Na Slovensku máme aktuálne sekvenáciou potvrdených celkovo 127 prípadov variantu omikron. V decembri 2021 tvoril variant delta 98,8 % zo všetkých úspešne sekvenovaných vzoriek. Variant omikron tvoril iba necelých 0,6 %. Ešte začiatkom januára 2022 sa variant omikron nachádzal približne v 13 % vzoriek. O týždeň neskôr to bolo už v 30 % prípadov. Od decembra pritom laboratóriá Úradu verejného zdravotníctva (ÚVZ) SR v spolupráci s Vedeckým parkom Univerzity Komenského v Bratislave a Biomedicínskym centrom Slovenskej akadémie vied (SAV) nezaznamenali jediný prípad nákazy variantov alfa alebo beta.

„Hoci predpokladáme, že stúpajúci trend výskytu variantu omikron potvrdia aj budúce výsledky sekvenácie vzoriek. Z priebežných čiastkových výsledkov v tejto chvíli ešte nie je možné spoľahlivo stanoviť, či sa už variant omikron stal dominantným v tunajšej populácii. S určitosťou to budeme môcť potvrdiť až na základe výsledkov sekvenácie dostupných v najbližších dňoch či týždňoch,” uviedol hlavný hygienik Ján Mikas.

Proces sekvenovania vzoriek

Mikas zároveň v tlačovej správe vysvetlil, ako sa z pozitívnych vzoriek cielene vyberajú vzorky na sekvenáciu podľa určených kritérií. Výsledky sekvenovania sú následne primerane reprezentatívne z hľadiska pomerného zastúpenia. Okrem pozitívnych vzoriek od osôb, ktoré prišli z rizikových krajín, sa sekvenujú pozitívne vzorky aj od kontaktov osôb, u ktorých bol potvrdený omikron. Vyberajú sa tiež vzorky od osôb, ktoré boli vakcinované druhou dávkou. Tiež od osôb, ktoré majú reinfekciu vírusom SARS-CoV-2. Ďalej od ľudí s atypickým priebehom ochorenia a dostatočné zastúpenie má aj náhodný výber vzoriek.

„V súčasnosti sa sekvenujú vzorky s dátumom odberu spred týždňa. Takýto časový odstup je nevyhnutným dôsledkom zložitej logistickej a technickej stránky celého procesu. Iba samotné potvrdenie pozitivity vzorky má časový limit 96 hodín. Čas si žiada aj výber, zber a preprava vzoriek na sekvenovanie do laboratórií, spracovanie a príprava vzoriek na sekvenáciu, náročná bioinformatická analýza a interpretácia výsledkov,” vysvetlil Mikas. Zároveň dodal, že Slovensko zaslalo viac ako 10-tisíc sekvenovaných genómov vírusu SARS-CoV-2 od infikovaných osôb do medzinárodnej sekvenčnej databázy European Nucleotide Archive (ENA). Čím teda prispieva k medzinárodnému výskumu koronavírusových genómov. Slovensko je v rámci Európy šiestou najviac prispievajúcou krajinou.

Zdroj: (SITA, qq;pla)